C 1971 г. по настоящее время институт возглавляет академик Российской академии наук, профессор Валентин Иванович Покровский.
На базе института функционируют центры Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека: Федеральный научно-методический Центр по профилактике и борьбе со СПИДом, Российские центры: по внутрибольничным инфекциям, менингококковой инфекции и гнойным менингитам, шигеллезам, сальмонеллезам, зоонозам, по вирусным гепатитам, по слежению за состоянием коллективного иммунитета к инфекциям, управляемым средствами специфической профилактики, Центр молекулярной диагностики инфекционных болезней.
Центральный НИИ эпидемиологии в настоящее время является одним из крупнейших в России разработчиков и производителей импортозамещающей продукции — тест-систем для диагностики широкого спектра возбудителей инфекционных заболеваний (ВИЧ, вирусные гепатиты, грипп птиц, туберкулез и др.) посредством ДНК-диагностики. Институт постоянно проводит успешные расследования эпидемических вспышек в России и странах СНГ с применением молекулярных подходов, используя тест-системы собственного производства.
В Центре молекулярной диагностики института возможно проведение полного спектра лабораторных исследований, включающего в себя: диагностику вирусных, бактериальных инфекций с помощью ДНК-анализа (полимеразная цепная реакция), иммунологические исследования, иммуноферментный анализ, определение гормонов, онкомаркеров и аутоантител, бактериологические исследования, биохимический и клинический анализы крови.
В поликлиническом отделении института возможно получение консультации профильных врачей-специалистов.
