Командующим ЧФ он был с декабря 1992 года до 1996 года. Он участвовал в миротворческих акциях и урегулировании конфликта между Грузией и Абхазией. Спас от неминуемой смерти Эдуарда Шеварднадзе. С 1996 года Эдуард Балтин находился в запасе. Широкий отклик в прессе в августе этого года вызвали высказывания вице-адмирала о ЧФ в свете событий на Кавказе: “При могучем облике корабли НАТО в Черном море не представляют собой боеспособную группировку. В случае необходимости достаточно ракетного крейсера “Москва” и двух-трех ракетных катеров ЧФ для того, чтобы одним залпом ее уничтожить. Через 20 минут море будет чистым”.
