В ходе реставрации усадьбы на первом этаже будут восстановлены своды древних палат, а на фасаде - фрагменты декора XVII столетия. Ранее считалось, что палаты XVII века, на основании которых строилась усадьба, не сохранились. «Мы стали свидетелями удивительной находки. Внутри уже сложившегося дворцового комплекса найден образец гражданской архитектуры XVII века. Это достаточно редкое явление для Москвы», - прокомментировал ситуацию Министр Правительства Москвы Александр Кибовский.
В конце 2018 года строительные работы будут закончены, и в 2019 году в усадьбе откроется Галерея искусства старых мастеров. Планируется, что постоянная экспозиция будет представлена 929 полотнами, европейских художников XII – начала XIX века. Сейчас площадь усадьбы составляет 6 000 квадратных метров. В ходе реставрации будут построены четыре подземных этажа общей площадью 20 000 квадратных метров. На подземных уровнях будут организованы образовательный центр, кафе, музейный магазин, детские игровые комнаты и переход в Главное здание Музея. Также под землей поместят оборудование для поддержания необходимого для картин микроклимата в здании, реставрационные мастерские и хранилище.
Парк вокруг усадьбы сохранить не удалось. Представители музея акцентируют внимание на том, что на своем месте остались несколько особо значимых деревьев, в том числе 250-летний дуб, а после реконструкции откроется парк «созданный с помощью лучших ландшафтных дизайнеров и доступный для посещения горожан». Однако парка, против вырубки которого протестовали москвичи, уже нет – на его месте стройка.