В настоящий момент его останки находятся в Киево-Печерской лавре в Киеве. Сегодня Украинская Православная церковь Московского Патриархата допускает возможным передачу Москве останков князя Юрия Долгорукого. Это произойдет в случае их идентификации и принятия по этому вопросу политического решения.
В апреле нынешнего года вопрос о переносе останков инициировали депутаты Мосгордумы. Этот вопрос ранее также поднимал и столичный градоначальник Юрий Лужков. Со стороны Украины высказывалась возможность обмена останков Долгорукого на прах украинского писателя и кинорежиссера Александра Довженко.
В середине ХХ века в Киево-Печерской лавре были обнаружены останки около 78 человек. Какие останки принадлежат Великому князю, не установлено.
Великий князь Юрий Долгорукий в 1147 году основал Москву, а в 1157 году он был отравлен киевскими боярами.