На первом этапе в городе будет организовано три экспериментальных маршрута водного такси. Если этот эксперимент окажется удачным, количество маршрутов может быть увеличено. Первый маршрут будет курсировать по Москве-реке от акватории Строгинской поймы до шлюза № 9, который расположен на Карамышевском гидроузле, на северо-западе столицы.
Второй маршрут водного такси будет проходить по Химкинскому водохранилищу между восточным и западным берегами.
Третий маршрут будет проложен по акватории Москвы-реки от Центрального парка культуры и отдыха (ЦПКиО) имени Горького до стрелки водоразводного канала.