Московский госпиталь был основан 25 мая 1706 года в Лефортове по указу Петра Первого. Основное здание госпиталя, сохранившееся до наших дней, построено в 1798-1802 годах по проекту архитектора Ивана Еготова.
Первых пациентов он принял 21 ноября 1707 года (по старому стилю). Этот день считается днем открытия госпиталя и отмечается традиционно 4 декабря. Тогда же при Госпитале открылась первая в России Медико-хирургическая школа, более столетия исправно готовившая лекарей "из природных россиян".
Здесь берет начало больничное и военно-госпитальное дело в нашей стране. Здесь же были заложены основы медицинского образования и подготовлены первые русские врачи.
В госпитале работали Склифосовский, Пирогов и другие известные российские врачи. Госпиталь был не только лечебным учреждением, но и учебным: здесь появилась первая в России медицинская школа для подготовки лекарей, первый анатомический центр.
В 1946 госпиталю было присвоено имя Н. Н. Бурденко.
Сегодня на базе госпиталя функционирует 130 лечебно-диагностических отделений и лабораторий, 10 кафедр, интернатура, медицинское училище Государственного института усовершенствования врачей Министерства обороны. В госпитале работают более 70 докторов медицинских наук, 44 профессора, более 170 кандидатов медицинских наук.
Для экстренной эвакуации раненых из очагов военных действий госпиталь оснащен уникальной летающей операционно-реанимационной лабораторией "Скальпель", благодаря которой во время второй чеченской кампании сюда были доставлены более трех тысяч раненых, передает РИА "Новости".