С 1988 по 2003 год Никсон состояла в гражданском браке с британским профессором Дэнни Мозесом, от которого в 1996 году родила дочь Саманту, а в 2002 году - сына Изекиеля. Вскоре после рождения второго ребенка союз распался. А уже через год стало известно о новом романе Никсон.
С 2004 года актриса состоит в гомосексуальных отношениях с активисткой образовательного движения Кристин Маринони. В 2009 году пара объявила о помолвке. А в феврале 2011 года Никсон родила сына, который получил имя Макс Эллингтон Никсон-Маринони. В 2012 году счастливые родители, наконец, официально сочетались браком. Свадьба состоялась в штате Нью-Йорк, где регистрация однополых союзов была разрешена в 2011 году.
На днях Никсон сообщила в соцсети о том, что ее дочь стала выпускницей колледжа. Точнее, выпускником. Выяснилось, что некоторое время назад Саманта решила сменить пол и уже стала мужчиной, взяв имя Самуэль. В своем посте Никсон заявила, что очень рада и горда своим ребенком и готова оказать ему всяческую поддержку.
Некоторое время назад Никсон, лауреат премии "Тони", начала политическую карьеру. Она объявила о намерении баллотироваться на выборах губернатора штата Нью-Йорк будущей осенью.