Для управления контртеррористическими операциями в составе комитета образуется Федеральный оперативный штаб. Президент также постановил образовать антитеррористические комиссии в субъектах Федерации для координации деятельности органов власти и местного самоуправления по профилактике терроризма и минимизации последствий его проявлений.
Согласно указу штатная численность центрального аппарата ФСБ увеличивается на 300 единиц; Федеральной службы охраны Российской Федерации — на 7 единиц.