В своей статье для газеты «Коммерсантъ» он пишет, что наблюдает нарастающие противоречия и разделение общества на религиозной почве. Многие политики заигрывают с церковью, вовлекая религию в политическую сферу и тем самым ставят церковь под удар, считает Прохоров. Он призывает немедленно начать широкий диалог об урегулировании отношений церкви и общества.