В конце 2006 года профессор организовал собственную националистическую организацию «Северное братство», однако через три года вышел из нее. Вместе с Петром Хомяковым у истоков «Северного братства» стояли директор торгового дома «Кудиново» и сторонник языческого культа «Родная вера» Антон Мухачев, известный под ником Tony Fly, а также
По версии следственного управления ФСБ России, Хомяков совместно с Мухачевым и Трошкиным, а также другими людьми — создал и руководил экстремистским сообществом «Северное братство».
Хомяков организовал пропаганду и агитацию идей сообщества, привлекал к участию в нем новых лиц, финансировал деятельность «Северного братства», участвовал в совещаниях руководителей преступной группы, выполнял другие руководящие функции.
Несколько книг, написанных Хомяковым, содержат высказывания, унижающие человеческое достоинство по признакам национальности и принадлежности к социальной группе, считают в ФСБ.
По мнению спецслужбы, Хомяков, используя свое служебное положение — должность заместителя начальника Отдела геоэкологических изысканий ООО «Спецметропроект», похитил у этой организации более 3 млн. рублей.
Похищенные из бюджета деньги должны были пойти на исследования, связанные со строительством Центральной кольцевой автодороги. Злоумышленники оформили на работу несколько человек и открыли на их имена банковские счета, на которые перечисляли заработную плату. На самом деле нанятые работники никакой трудовой деятельности не вели, а деньги с пластиковых карт снимали участники группы.
Хомяков был арестован чекистами в Ярославской области 27 сентября прошлого года. До этого он два года скрывался на Украине.
В ходе следствия Хомяков признал вину и пошел на сделку со следствием. Таким образом ученый попросил рассматривать его дело в особом режиме, т. е без изучения доказательств.
К слову, «дело Хомякова» составляет аж 45 томов.
В среду профессор, сидя клетке, объяснил почему сотрудничал со следствием.
— Как специалист по стратегическому планированию я придерживаюсь мнения, что бессмысленное сопротивление бессмысленно«, — пояснил он.
По его словам, «Северное братство» это «группа полунищих гопникова, которые его «развели как лоха».
— Эти люди, которые не имели никакого потенциала, надеялись получить политические дивиденды, — говорил Хомяков. Я не отказываюсь от своих идеалов, но за идеалы надо бороться грамотно, а это была гопническая, возможно даже провокационная компания. — Я играл роль бренда, выступая в качестве старого дурака.
По его словам, он жил в своей деревне, занимался огородом, дорожками и здоровьем, а потом «налетела эта гопота» (Мухачев и Трошкин).
Затем гособвинитель Михаил Резниченко попросил суд продлить обвиняемому срок содержания под стражей еще на полгода.
Защитник подсудимого Михаил Корчагин, в свою очередь, обратил внимание на слабое здоровье своего доверителя.
Мы просим избрать более мягкую меру, — сказал адвокат.
В итоге суд удовлетворил ходатайство прокурора и продлил арест до 6 марта 2013 года. Затем судья объявил перерыв до 15 октября.