Оганян провел в разных следственных изоляторах более 4 месяцев. После ареста был помешен в ИВС на Петровку, 38, где находился под наблюдением врача. Из ИВС был направлен в СИЗО 2, где врачи его не приняли и направили в СИЗО 1 (Матросская тишина), где он пробыл один месяц. Затем был вновь этапирован в санчасть СИЗО 2 (Бутырка).
Из СИЗО 2 по настоянию адвокатов был направлен в 20-ю ГКБ на освидетельствование. Диагностированы ишемическая болезнь сердца, стенокардия, зафиксировано постинфарктное состояние, сахарный диабет тяжелого течения, язвенная болезнь и пр. Врачи 20-й ГКБ Мартынова И.Г. и Мирзахамидова С.С. нашли состояние Оганяна удовлетворительным, подтвердили возможность его пребывания под стражей и вновь направили его в Бутырку.
Уголовное дело было в производстве следователя 4-ого отдела следственной части ГСУ МВД Москвы Дениса Кузнецова. На протяжении всего времени пребывания под стражей Оганян постоянно высказывал жалобы на состояние здоровья, находился на грани жизни и смерти. Несколько раз помещался в тюремный стационар (ГКБ -20) с диагнозом «сахарный диабет», «сердечно-сосудистая недостаточность» и др. Несмотря на подтвержденные факты о плохом состоянии здоровья, стража была избрана постановлением от 6 марта судьи Тверского суда Ковалевской и неоднократно продлевалась судьями Алисовым и Неверовой. Судебная коллегия Мосгорсуда решения находила законными и обоснованными. Врачи 20-ой больницы подыгрывали следствию и отказывались выдать заключение о невозможности содержания Оганяна в условиях СИЗО.
Обоснованность решения суда о помещении Оганяна в СИЗО на самом деле вызывала сомнения. Сам Оганян ранее не привлекался к уголовной ответственности, обвинялся в совершении преступления ненасильственного характера, являлся гражданином РФ, воспитывал и содержал пятерых детей, был участником боевых действий в Афганистане, имеет правительственные награды, болел хроническими заболеваниями.
3 июля после очередного приступа болезни Оганян был этапирован из Бутырки в Институт им. Склифосовского, где врачи оценили вероятность, что больной выживет, как крайне низкую.
Он действительно не выжил.
В 2009-м году в СИЗО скончался Сергей Магнитский, которому не оказывали медицинскую помощь несмотря на то, что он отчаянно в ней нуждался. В 2011-м году по той причине умерли предприниматель Вера Трифонова и директор школы Андрей Кудояров. Их трагедии стали известны благодаря широкому общественному резонансу. Но на самом деле таких случаев гораздо больше. Только в 2012-м году в местах лишения свободы умер 4121 человек. По мнению Генпрокуратуры, «это свидетельствует о том, что осужденным подследственным оказывают недостаточную медицинскую помощь, а закон об охране здоровья заключенных не выполняется».
