Убедить Оноду удалось только его полевому командиру, который специально для этого прилетел на Филиппины. Хироо Онода утверждал, что в джунглях скрывается много его товарищей, однако они не откликнутся на его позывные, поскольку решат, что он действует в интересах врага.
Младший лейтенант войсковой разведки японской армии воевал на филиппинском острове Лубанг с 1944 года. По прибытии в эту местность Онода предложил японскому командованию острова начать подготовку к длительной обороне, однако его предложения не были услышаны. После того, как американцы разбили японцев, молодой разведчик со своим отрядом вынужден был бежать в горы. Хироо Онода обустроил базу в джунглях и начал вести партизанскую войну в тылу врага вместе со своими подчинёнными: рядовым первого класса Юити Акацу, рядовым высшего класса Кинсити Кодзукой и капралом Сёити Симадой.
После того, как Япония капитулировала, американцы сбросили листовки с информацией об этом, адресовав ее скрывающимся в джунглях японским военным. Но Онода расценил эти документы как вражескую пропаганду и продолжил воевать. Из-за отсутствия связи с его группой в сентябре 1945 года японские власти объявили её членов погибшими. Однако в 1950 году один из соратников Оноды – рядовой Юити Акацу – сдался филиппинской полиции. Таким образом стало известно, что Онода и двое его подчинённых всё ещё живы.
В мае 1954 г. отряд филиппинской полиции столкнулся с группой Оноды. В ходе перестрелки был убит Сёити Симада, прикрывавший отход товарищей. В конце мая 1969 г. японское правительство вторично объявило членов группы Оноды погибшими и посмертно наградило их. Но в сентябре 1972 года филиппинская полиция застрелила японского солдата, отбиравшего рис у крестьян – убитым оказался Кинсити Кодзука, последний подчинённый Оноды.
Хироо Онода в течение почти тридцати лет собирал сведения о «противнике», нападал на филиппинских военнослужащих и полицейских. Японец питался сушёным мясом подстреленных им диких буйволов, а также кокосами.
В ходе осуществленных группой Оноды операций были убиты 30 и тяжело ранены более 100 военных и гражданских лиц.
Хотя Онода знал, что происходит у него на родине, он отказывался верить в поражение своей страны во Второй мировой войне, будучи уверен, что правительство в Токио — это марионетка США, а настоящее Императорское правительство находится в изгнании в Маньчжурии.
Все продолжалось до тех пор, пока в феврале 1974 г. японский путешественник студент Норио Судзуки случайно не нашёл Оноду в джунглях Лубанга. Онода отказался выходить из джунглей, объясняя, что не может покинуть место службы, потому что не имеет разрешения на это от своего старшего офицера. Пришлось бывшему непосредственному командиру Оноды – майору Танигути – прилететь на Лубанг и выйти на связь с Онодой.
Только после этого Онода в полном военном обмундировании сдался филиппинским властями.
По филиппинским законам Оноде грозила смертная казнь за грабежи и убийства, нападения на полицию и военных, однако он был помилован. В конце концов, Онода торжественно вернулся на родину 12 марта 1974 года.
С 1984 года — председатель «Школы природы», занимающейся социализацией японской молодёжи. В 1996 году Хироо Онода снова посетил Лубанг, где пожертвовал $10 тыс. местной школе.
О японских воинах, подобных Хироо Оноде, которые спустя долгие годы после окончания войны продолжали выполнять свой, как они понимали его, воинский долг, в свое время написал песню Илья Кормильцев, которую исполняла Настя Полева: «Островок в океане, пять базальтовых скал / Гнёзда птиц и лишайник, но наставник сказал: "Тацу, Тацу, юный воин Ямато / Тацу, Тацу, Император велел нам здесь оставить солдата" / Поздно осенью крейсер якорь бросил у скал / Металлический голос по-английски сказал: "Tazu, Tazu, army's gone! War is over! Tazu, Tazu, your emperor surrended! Leave your rocks, gun-unloaded!” / Тацу знает лишь то, что это голос врага / Он не понял ни слова, ложь - всё, наверняка / “Banzai, Mikado wa katsu! Banzai, Untai wa tsuyoi!” / Тацу, Тацу, тебе тринадцать лет / Тацу, Тацу, ты - маленький дракон / Сорок солнцестояний и сезонов дождей / Тацу ждёт приказаний от погибших вождей».
