Как и в Лиге чемпионов, команды были поделены на «сеяных» и «несеяных».
Первая корзина: «Зенит» (Россия), «Аякс» (Голландия), «АПОЭЛ» (Кипр), «Фенербахче» (Турция), «Фиорентина» (Италия), «Генк» (Бельгия), «Османлыспор» (Турция), «Рома» (Италия), «Шальке» (Германия), «Шахтер» (Украина), «Спарта» (Чехия), «Сент-Этьен» (Франция), «Бешикташ» (Турция), «Копенгаген» (Дания), «Лион» (Франция), «Тоттенхэм» (Англия).
Вторая: «Краснодар» (Россия), «Ростов» (Россия), «Андерлехт» (Бельгия), «Астра» (Румыния), «Атлетик» (Испания), «Алкмар» (Голландия), «Сельта» (Испания), «Гент» (Бельгия), «Хапоэль» (Израиль), «Манчестер Юнайтед» (Англия), «Олимпиакос» (Греция), «ПАОК» (Греция), «Вильярреал» (Испания), «Боруссия» М (Германия), «Легия» (Польша), «Лудогорец» (Болгария).
В итоге, пары 1/16 финала Лиги Европы выглядят следующим образом:
«Атлетик» - «АПОЭЛ»
«Легия» - «Аякс»
«Андерлехт» - «Зенит»
«Астра» - «Генк»
«Манчестер Юнайтед» - «Сент-Этьен»
«Вильярреал» - «Рома»
«Лудогорец» - «Копенгаген»
«Сельта» - «Шахтер»
«Олимпиакос» - «Османлыспор»
«Гент» - «Тоттенхэм»
«Ростов» - «Спарта»
«Краснодар» - «Фенербахче»
«Боруссия» М - «Фиорентина»
«Алкмар» - «Лион»
«Хапоэль» - «Бешикташ»
«ПАОК» - «Шальке»
Команды, указанные первыми, начнут противостояние дома. Начнется 1/16 финала Лиги Европы 16 февраля, а ответные встречи состоятся 23 февраля.
