Мастер ушел из жизни в возрасте 74 лет 20 октября 1994 года в Москве от инфаркта миокарда. Перед смертью его исповедовал и причастил иеромонах Тихон (Шевкунов. Его провожала третья жена, народная артистка РСФСР Ирина Скобцева, мать Федора и Елены Бондарчук.
Как вспоминает Наталья, Ирина Константиновна Скобцева тогда страшно переживала случившееся. "Она едва в могилу не бросилась на похоронах", - сказала она. При этом Наталья отметила, что ее мама - вторая жена Бондарчука, народная артистка СССР Инна Макарова - на похороны не пришла, но побывала на могиле позже.
Наталья призналась, что ее мать не была в хороших отношениях со Скобцевой и не отказывала себе в удовольствии нелестно о ней отзываться в различных интервью. При этом сама Наталья просила мать не давать подобные интервью, так как хотела общаться с детьми Скобцевой и своего отца.