Указ об отставке Исакова в связи с заявлением о добровольном сложении полномочий подписал президент Курманбек Бакиев. Исаков — один из последних соратников Бакиева по государственному перевороту 24 марта 2005 года, который до сих пор оставался в его команде. Как сообщают кыргызстанские источники, Исаков не раз выражал несогласие и по некоторым вопросам кадровой политики, работы кабинета министров в сфере энергетики и экономики в целом.
