Как пояснили «МК» в пресс-службе Главного военного следственного управления СК РФ, еще в январе 1999 года в качестве безвозмездной финансовой помощи от государства Шемякин получил 370 000 рублей (или $16 000 по курсу того периода) и приобрел на них квартиру в Щелково. Но он переписал эту квартиру на свою дочь в 2008 году — в последствии это сыграло свою роль и помогло скрыть от членов жилищной комиссии воинской части, что у него уже есть жилплощадь в собственности.
Так, в 2010 году он предоставил комиссии (кстати, Шемякин являлся председателем этой комиссии на тот момент) поддельный документ о предоставлении ему в Москве двухкомнатной квартиры и фиктивную копию ходатайства начальника строительства, инженерно-технического обеспечения и расквартирования ВВС о необходимости выделения указанной квартиры его семье. Более того, Шемякин предоставил комиссии поддельную положительную резолюцию от заместителя министра обороны РФ. Оставалась лишь одна небольшая преграда на пути к заветной «двушке» — на нее уже претендовал другой офицер. Тогда генерал-майор пригласил его к себе и убедил, что квартира преднозначена исключительно для него, Валерия Шемякина. И чтобы не тормозить процесс оформления жилплощади попросил офицера написать письменный отказ от квартиры.
Естественно, комиссия, взглянув на все представленные документы и обстоятельства, выделила квартиру Шемякину. После получения жилплощади заместитель командующего ВТА оформил ее на супругу и попытался продать за миллион рублей. Но эта цифра была прописана лишь на бумаге, а в действительности Шемякин пытался выручить порядка 7 миллионов рублей наличными, чтобы избежать уплаты налогов.
— В ходе предварительного следствия генерал-майор Шемякин свою вину в инкриминируемом ему деянии не признал, ущерб, причиненный государству своими действиями, не возместил, — подытожил Сергей Жуков, официальный представитель военного следственного управления СК РФ. — Шемякин освобожден от должности заместителя командующего Военно-транспортной авиации и выведен в распоряжение командира войсковой части 25969.
После утверждения обвинительного заключения уголовное дело направлено в Московский гарнизонный военный суд для рассмотрения по существу.