Новое здание по приказу царя Михаила Федоровича в 1643 году было снесено из-за недовольства православных священников. Они считали, что иноземцы скупили много земельных участков. Соборным уложением 1649 года европейцам запрещалось покупать недвижимость в столице. Согласно указу 1654 года, все иностранцы, не принявшие православие, после перепланировки города, вызванной опустошительными пожарами, должны были переселиться во вновь образованную Яузскую (Новонемецкую) слободу. В 1684 году члены лютеранской общины приняли решение построить каменную церковь святого Михаила. Через два года состоялось освящение храма. В 1694 году симпатизировавший европейцам царь Пётр I заложил новую каменную церковь во имя святых апостолов Петра и Павла. Она была освящена в его присутствии 3 апреля 1695 года. Новый храм простоял до 1812 года. Он сгорел во время большого Московского пожара.
В 1817 году приход приобрёл усадьбу Лопухиных близ Покровки, на Старосадском переулке. На средства короля Пруссии Фридриха-Вильгельма III и при поддержке императора Александра I в июне следующего года началась перестройка купленного дома под церковь. 18 августа 1819 года её освятили. В феврале 1837 года в кирхе впервые зазвучал орган. В общину входили крупные промышленники, финансисты, и она обладала большими средствами. Когда в середине столетия число членов общины превысило 6 тысяч, было принято решение о реконструкции храма. К 1904 году Михайловская община насчитывала 4,5 тысячи членов (4360 немцев, 120 финнов и 20 шведов). В 1915 году по Москве прокатилась волна немецких погромов, принесших человеческие жертвы, а протестантским церквям - большой материальный ущерб. В 1928 году, несмотря на протесты прихожан, церковь святого Михаила была снесена.
В 1988 году вновь была возрождена Евангелическо- Лютеранская Церковь во главе с епископом Харальдом Калниньшем. В мае 1991 года инициативная группа подала документы на регистрацию в Управление юстиции Моссовета, а уже 7 июня община получила свидетельство о регистрации. Студия «Диафильм», которая распоряжалась всем комплексом зданий, была готова предоставить помещение для совершения богослужений. 4 сентября 1991 года епископ Калниньш и пастор Штефан Редер, впоследствии ректор Теологической семинарии, совершили первое богослужение в просмотровом зале студии, находившемся на месте нынешних органных хоров. С этого времени богослужения совершались каждое воскресенье, а в 1992 году в общине появился первый постоянный пастор.
В мае 1992 года общине было передано входящее в соборный комплекс здание капеллы. Капелла была освящена на Пасху 1993 года. Однако, возникли проблемы с отселением «Диафильма», которые удалось разрешить только к середине 1997 года. К концу этого же года начались восстановительные работы в алтарной части собора. Был оборудован церковный зал на 200 мест, освящённый в первое воскресенье октября 1998-го. В этом зале богослужения проходили вплоть до лета 2004 года. Летом этого же года начались работы по восстановлению собора в его историческом облике, Многие прихожане не верили в возможность реставрации. За четыре года зал был освобождён от перекрытий и перегородок, реставрированы потолок, стены и повреждённые колонны. Восстановлена галерея, опоясывающая зал по периметру, смонтирован отреставрированный орган, в окнах алтарной части появились витражи, установлены дубовые скамьи. Во дворе были сняты многолетние наслоения асфальта. 18 декабря 2005 года, в день столетия со дня первого освящения, епископ Зигфрид Шпрингер совершил повторное освящение престола. 30 ноября 2008 года во время торжественного богослужения состоялось освящение cобора. В январе 2010 года был полностью восстановлен шпиль, высота которого 62 метра.
Казалось бы — вот сейчас начнется активная христианская жизнь в восстановвлденном храме. Но не все так просто на российской земле даже для лютеран. В «МК» пришло письмо от общины, выброшенной своим епископом на улицу: «Просим Вас привлечь общественное внимание к тяжелому и возмутительному конфликту в Евангелическо-Лютеранской Церкви Европейской части России (ЕЛЦ ЕР). Суть конфликта — в злоупотреблении властью со стороны церковных иерархов и попытках московской общины пресечь эти злоупотребления, среди которых рейдерский захват имущества общины (собора, исторического органа, культовой утвари), подлоги, клевета и наушничество. В результате конфликта московская община — самая крупная в составе Церкви, насчитывающая 260 чел., — исключена из ЕЛЦ ЕР, выгнана на улицу, лишена имущества, возможности проводить регулярные богослужения и общинные мероприятия.»
Весьма успешно в роли рейдера выступил 28-летний новоизбранный епископ Брауер. В Лютеранстве есть принцип: общины занимаются деньгами и зданиями, а пасторы — духовными делами. Вместе общины и пасторы образуют Церковь. Новый архиепископ А. Крузе, находится в Петербурге и возглавляет Евангелическо-Лютеранскую Церковь в России. Втайне от Общины он пытался перевести соборный комплекс в свое управление. Этот замысел не увенчался успехом, равно как и попытка “выдавить” из Москвы крупное ежемесячное “пожертвование”. Во главе европейской епархии был поставлен молодой, послушный и амбициозный человек Брауер. При его непосредственном участии была проведена спецоперация. Сначала по ложному доносу изгнали избранных общиной пасторов. Брауер отказался заниматься сбором доказательств вины пасторов и добился беспрецедентного для Церкви решения — в течение 2 недель пасторы были лишены сана. Это решение возмутило Общину, которая потребовала восстановления справедливости.
Тогда повели борьбу с общиной. Ей стали навязывать пасторов, не пользующихся ее доверием. В лютеранстве нет принципа единоначалия, и борьба со злоупотреблениями епископов была одной из сторон лютеровской Реформации. Удивительно, что 500 лет спустя Реформация так и не завершена! Епископ Брауер созвал и провел Синод ЕЛЦ ЕР. Его решением община исключена за непослушание. Теперь в соборе сменены все замки, призван ЧОП, община изгнана из всех своих помещений. Чтобы лишить общину прав собственности создана и регистрируется община-клон. Брауер предпочитает жить за счет сбора средств от концертов с использованием органа, но без жизнеспособной общины.
