Макаров обвиняется в ряде должностных преступлений, мошенничестве, а также в хранении наркотиков. Его родственница Нина Егоренкова - бывший директор ОАО "Томскстройтранс", по версии следствия, совместно с Макаровым вымогала 3 миллиона рублей у предпринимателей, угрожая уничтожением возводимого ими гаражного комплекса. Макаров и Егоренкова были арестованы в декабре 2006 года.
В августе 2008 года началось судебное разбирательство. Судья по ходатайству защиты принял решение освободить Егоренкову под залог в 3 миллиона рублей, так как основные эпизоды с ее участием уже были исследованы в ходе судебного заседания . Залог уже поступил на депозитный счет Областного суда и все необходимые для освобождения документы направлены в следственный изолятор.
Месяц назад Верховный суд РФ под залог в 4 миллиона рублей освободил из под стражи Макарова. До этого, в марте Макаров выиграл в Европейском суде по правам человека дело против России. Суд счел, что РФ нарушила статью 3 Европейской конвенции о защите прав человека и основных свобод, поскольку не обеспечила должные условия содержания Макарова в СИЗО, а также пункт 3 статьи 5, поскольку судебные власти необоснованно продлевали мэру срок заключения. Также согласно решению Европейского суда, Россия должна выплатить Макарову 8 тысяч евро за нанесение морального ущерба.