Последнему еще в 2004 году вменяли превышение должностных полномочий, стоившее областному бюджету более полутора миллиардов рублей. Но уже в следующем году дело закрыли «за истечением срока давности». На приближающихся выборах Лисицын решил вернуться в большую политику, став кандидатом в депутаты Госдумы от партии «Справедливая Россия».
Напомним, в основу обвинений против тогдашнего губернатора Ярославщины, по сообщению kommersant.ru: «легла проверка КРУ Ярославской области и Счетной палаты РФ закона "О стимулировании экономического развития Ярославской области", принятого местной думой в апреле 2001 года и впоследствии подписанного губернатором. Контролеры и следствие посчитали, что закон, согласно которому некоторые местные предприятия получали субсидии из бюджета области и освобождались от налогов, нанес ущерб в 1,5 млрд рублей».
«В то же время в области имелась непогашенная задолженность по выплате государственных пособий на детей и платежам на обязательное медицинское страхование. Кроме того, установленные Законом «О ветеранах» льготы, в том числе и на лекарственное обеспечение в 2002 году, были профинансированы из консолидированного бюджета области всего на 24%, а в 2003 г. – на 18%», – сообщалось на сайте Генеральной прокуратуры в августе 2004 года.
Параллельно с аудиторами Счетной палаты в области работали следователи Генпрокуратуры РФ. Как сообщали «Новые известия»: «Особое внимание проверяющих привлекло несколько сомнительных, по их мнению, сделок. Например, в середине 90-х годов областная администрация выступила гарантом кредита в 20 млн марок, который должен был пойти на финансирование строительства завода детского питания. Работы вела крупнейшая в области компания «Ярхимпромстрой», но из-за нехватки средств возведение объекта постоянно останавливалось. Когда подошел срок возврата долга, местные власти стали затягивать с его выплатой. Обладминистрация выступила гарантом по кредиту в еще одной сделке с «Ярхимпромстроем». В итоге долг по выплатам составил 20 млн рублей».
В результате Лисицын стал обвиняемым по уголовному делу о превышении должностных полномочий (ст. 286, ч. 3 УК РФ), что нанесло ущерб бюджету области в размере более 1,5 млрд рублей.
Лисицын тогда с выводами прокуроров не согласился и все происходящее назвал «каким-то странным недоразумением», поскольку аналогичные обвинения «можно предъявить абсолютно всем губернаторам». При этом следователи Генпрокуратуры проявили несвойственную обычно ведомству лояльность и дали ему возможность отгулять отпуск.
И, видимо, не придавал претензиям правоохранителей большого значения, поскольку, по сообщениям СМИ, «Анатолий Лисицын на время тотальной проверки его администрации Генеральной прокуратурой и Счетной палатой уехал в отпуск. По сообщению пресс-службы обладминистрации, он отправился в Киргизию, где уже не первый год охотится на редчайших баранов Марко-Поло и среднеазиатских козерогов вместе с губернатором Ошской области Накеном Касиевым».
Наиболее резонансным звучало обвинение Лисицына в подписании Закона «О стимулировании экономического развития в Ярославской области», который бойкие на язык журналисты flb.ru немедленно окрестили «ярославским офшором». «Этот закон разрешал юрлицу из другого региона, зарегистрировавшему свой бизнес в области, платить в областной бюджет лишь некую фиксированную сумму налога на прибыль. Взамен бизнесмены должны были инвестировать в область 10% от полученной прибыли. С помощью этого закона только Углич сумел в течение двух лет увеличить доходы бюджета с 200 до 540 млн рублей. «Губернатор Лисицын решил поставить у себя насос по откачке денег из других регионов», – еще до всяких проверок заявил депутат Алексей Митрофанов…
В течение последних трех лет только иностранных инвестиций в ярославскую экономику пришло на 460 млн долларов. Правда, при всем этом область считалась дотационной. В прошлом году дефицит областного бюджета составлял почти 15% (874,81 млн рублей), на этом же уровне он сохранился и в 2004 году. На этом основании Ярославская область в 2003 году получила из федерального бюджета более 700 млн рублей субвенций, дотаций и субсидий, большинство из которых, как считается, и ушли на обеспечение налоговых льгот предприятиям», сообщало flb.ru в 2004 году.
«Время новостей» сообщало о том, что «В свое время Дума Ярославской области приняла решение о предоставлении налоговых льгот ряду коммерческих структур, которые согласно федеральному законодательству могут получить такие льготы только при условии, если они вводят в состав своих учредителей государственные структуры и становятся, таким образом, либо муниципальной, либо федеральной службой. Однако в данном случае этого не произошло…
В 2002 году с ведома Лисицына А.И. при исполнении бюджета области капитальные расходы, понесенные в результате субвенций по инвестиционным проектам, умышленно фиксировались как текущие расходы бюджета, а затем, с целью сокрытия выданных под видом субвенций бюджетных инвестиций, незаконно были внесены в строку текущих расходов подписанного им отчета об исполнении бюджета области за 2002 год», – говорится в бумагах Генпрокуратуры. Получается, что Ярославская обладминистрация выступала гарантом по многим коммерческим проектам частных организаций, а если эти частные организации не могли вовремя расплатиться, их долги возмещались из областного бюджета. И таких примеров следователи Генпрокуратуры выявили много. В результате эти действия и легли в основу обвинения г-ну Лисицыну».
11 января 2005 года Генпрокуратура направила в Ярославский облсуд ходатайство о признании не соответствующим федеральному законодательству и недействительным областного Закона «О стимулировании экономического развития Ярославской области», однако 14 января облсуд его не удовлетворил. Верховный Суд РФ оставил без удовлетворения кассационное представление замгенпрокурора РФ, в котором он просил признать недействующими статьи Закона области «О стимулировании…», но указал, что эти нормы, предусматривающие выделение бюджетных средств в виде субвенций юрлицам для развития производства и пополнения оборотных средств, противоречат ряду статей законов.
Что касается дальнейшей судьбы Лисицына, то уголовное дело в отношении него закрыли за истечением срока давности. Причем весь период, пока длилось следствие, он не был отстранен от исполнения своих обязанностей, единственной мерой пресечения стала подписка о невыезде. Кстати, возбуждение следователями Генпрокуратуры РФ уголовного дела против Лисицына суд не признал незаконным.
До конца очередного срока своих полномочий Анатолий Лисицын так и не досидел. Его губернаторские полномочия истекали в декабре 2007 года, однако в октябре 2006 года он досрочно объявил об отставке. 2 ноября 2006 года в ходе заседания областной думы он был подтвержден в должности губернатора. В декабре 2007 года он ушел с поста главы обладминистрации и стал депутатом Государственной Думы, а спустя еще четыре года пересел в кресло сенатора.
