Страсбург отказался признать их уголовное преследование в РФ политически мотивированным. В первом приговоре Ходорковскому ЕСПЧ не усмотрел и нарушения права на справедливое судебное разбирательство. Таким образом, отвергнуто основное требование поданной в Евросуд жалобы, а защита лишилась главного аргумента для того, чтобы поставить приговор под сомнение.Также не нарушена статья конвенции, запрещающая жестокое обращение с подсудимыми.
В то же время, по мнению судей, были нарушены положения Европейской конвенции, гарантирующие защиту собственности, а также право на уважение частной и семейной жизни. Поэтому суд обязал РФ выплатить Ходорковскому 10 тысяч евро в качестве компенсации, Лебедев денег не получит.
Жалоба Ходорковского была подана в марте 2006 года и признана приемлемой по ряду заявленных нарушений Конвенции о правах человека (Конвенции) в ноябре 2011 года. Лебедев направил жалобу годом ранее, в марте 2005 года, и решение о ее приемлемости было вынесено в мае 2010 года. Ссылаясь на статью 18 (Пределы использования ограничений в отношении прав) Конвенции, Ходорковский и Лебедев жаловались в том числе на то, что их уголовное преследование в РФ является политически мотивированным.
Впервые компания обратилась в Страсбургский суд в 2004 году с жалобой на действия российских налоговых органов, которые расценила как незаконный отъем собственности. Компания добивалась от РФ возмещения более 98 миллиардов долларов.
В декабре 2011 года Коллегия Большой палаты Европейского суда по правам человека (ЕСПЧ) отклонила ходатайство Михаила Ходорковского о пересмотре вынесенного в мае того же года постановления, в котором ЕСПЧ отказался признать действия российских властей по отношению к Ходорковскому политически мотивированными. В то же время в майском постановлении ЕСПЧ признал справедливой жалобу на незаконность задержания Ходорковского, неразумные сроки содержания его стражей и плохие условия нахождения в СИЗ
Бывший председатель правления ОАО "НК "ЮКОС" был задержан 25 октября 2003 года. По мнению следствия, Ходорковский давал указания председателю Совета директоров ЗАО "МФО "Менатеп" Платону Лебедеву относительно хищения 20% акций компании "Апатит" и перепродажи продукции компании на мировом рынке по ценам, вдвое превышавшим отпускные внутрироссийские цены. Своими действиями они нанесли ущерб государству на сумму около 500 миллионов долларов. 31 мая 2005 года Ходорковский и Лебедев в рамках объединенного дела были приговорены к 9 годам лишения свободы каждый.
5 февраля 2007 года Ходорковскому и Лебедеву были предъявлены новые обвинения по двум статьям УК РФ: хищение путем присвоения и легализация (отмывание) денежных средств. 30 декабря 2010 года Хамовнический суд Москвы назначил им наказание в виде 13,5 лет колонии. Однако поскольку Ходорковский и Лебедев не отбыли полгода наказания по первому приговору, то окончательно суд приговорил их к 14 годам.
