Конструктор погиб 23 мая 1942 года. Шенкман летел из Куйбышева на одно из оборонных предприятий Нижнего Тагила, когда его самолет врезался в гору. Обломки воздушного судна нашли лишь в 2015 году.
Депутат Госдумы Александр Хинштейн сообщил, что наследники попросили захоронить останки Шенкмана в Самаре. Политик пообещал оказать необходимое содействие.
Существует легенда, что в годы репрессий Шенкман на приеме у Сталина подписал документ, запрещающий работникам НКВД находиться на территории Таганрогскогозавода, прекратив тем самым истребление ведущих специалистов и начальников цехов.
С 1938 года Матвей Борисович возглавлял Воронежский авиационный завод (в годы войны его эвакуировали в Куйбышев, ныне Самару). Под его руководством было налажено производство штурмовика Ил-2 («летающего танка») — самого массового советского самолёта во время войны.