Как уже сообщал «МК», Пономаренко (в последнее время он занимал должность советника гендиректора госкорпорации «Ростехнологии») прибыл в столицу с супругой, а 4 апреля отправился по делам на своей «Ауди S5». На Можайском шоссе экс-глава города заехал на АЗС. Пономаренко вышел, расплатился за бензин и снова сел за руль. В этот момент к нему и подошел киллер — небольшого роста (примерно 160 см), он был одет в черную куртку с капюшоном.
Убийца прямо через стекло дважды выстрелил в Пономаренко из пистолета калибра 5,45 мм, а затем дошел до поджидавшей его машины, на которой и уехал. От ранения в голову Пономаренко скончался на месте.
Чтобы задержать преступника, потребовалось более полугода. Полицейские с помощью оперативных данных смогли установить, что им, предположительно, является 29-летний житель села Буртунай Казбековского района Дагестана по фамилии Ахмедов. После убийства он уехал в Санкт-Петербург и жил в квартире на Гражданском проспекте. Туда 17 ноября и нагрянули сотрудники 3-го отдела 1-й ОРЧ УУР ГУ МВД России по Москве совместно с питерскими сыщиками. Ахмедова препроводили в столицу, где заключили под стражу.
У тех, кто организовал убийство Пономаренко, могло быть множество мотивов, большинство из которых проистекает из бурной биографии жертвы. Так, в свое время экс-мэра обвиняли в причастности к нарушениям в сфере ЖКХ города Шахты, нецелевом расходовании бюджетных средств (эти обвинения трансформировались в уголовное дело по статье УК «Злоупотребление должностными полномочиями»). Сановника пытались привлечь к ответственности за то, что он за счет бюджета нанял для себя повара, водителя и охранника, а также использовал микроавтобус для своих нужд. Кроме того, Пономаренко подозревали в преднамеренном банкротстве местного водоканала в интересах фирмы, принадлежащей друзьям чиновника. В результате госказне был причинен ущерб в 40 млн рублей. Экс-мэр активно занимался бизнесом — владел хлебокомбинатом, магазинами, риелторской фирмой. Ранее Пономаренко уже угрожали, а в 2007 году на него покушались — тогда у калитки его дома была заложена бомба.