Решение о привлечении армии к борьбе с бандподпольем Северного Кавказа было принято Национальным антитеррористическим комитетом (НАК) и Федеральным оперативным штабом. К подразделениям МВД и ФСБ бойцы Вооруженных сил РФ присоединились 1 октября. В результате, как сообщил НАК, «реализация комплекса скоординированных мероприятий позволила пресечь деятельность ряда одиозных главарей, членов бандгрупп и пособников, существенно нарушить систему обеспечения деятельности бандитов».
Особо результативные бои с бандитами прошли в Кабардино-Балкарии и Дагестане. Так, в Нальчике в одном из частных домов были нейтрализованы «амир» Кабардино-Балкарии Руслан Батырбеков, Артур Каркаев — командир «черкесских» и «урванских» боевиков и еще два лидера бандподполья — Шамиль Ульбашев и Залим Тутов. За этими боевиками числятся убийства судьи Быкова в Баксане, военного летчика в школе Нальчика, двух сотрудников ФСБ, многочисленные убийства полицейских, среди которых замначальника Центра противодействия экстремизму МВД КБР и командир спецподразделения МВД.
В Дагестане в подвале детского сада поселка Хутрах нейтрализованы главарь «цунтинской» бандгруппы Магомедов и четверо его подручных. Все они находились в розыске. На счету этой группы, среди прочих преступлений, зверское убийство в 2010 году двух местных жителей, а также подполковника Пограничной службы ФСБ России и его водителя, поджог школы в селе Цибари и убийство учителя физкультуры Заирбека Газимагомедова.
В Буйнакском районе Дагестана был нейтрализован Абдулкеримов, родной брат известного главаря бандподполья, по кличке Шатун, причастный к убийству начальника отделения УФСБ России по Дагестану в Цумадинском районе и другим преступлениям. В Махачкале уничтожен Артур Магомедов по кличке Халид. Он был командиром так называемого «спецбатальона», занимавшегося убийствами сотрудников правоохранительных органов. На его же счету многочисленные теракты и убийства мирных граждан.
Все ликвидированные боевики — это те, кто оказывал вооруженное сопротивление силовикам.
Перед началом наиболее активной фазы спецоперации оперативный штаб в Кабардино-Балкарии распространил обращение к членам НВФ с призывом сдаться и вернуться к нормальной жизни. В нем напоминалось, что в соответствии с примечанием к статье 208 УК РФ (организация незаконного вооруженного формирования или участие в нем) лицо, добровольно прекратившее участие в НВФ и сдавшее оружие, освобождается от уголовной ответственности, если в его действиях не содержится иного состава преступления.