Экс-президент в настоящее время находится за границей.
Судья Азирет Медеров признал Атамбаева виновным в организации массовых беспорядков 7-8 августа 2019 года в cеле Кой-Таш Чуйской области, а также в незаконном получении там земельных участков и коррупции при проведении модернизации ТЭЦ Бишкека. Напомним, что в августе 2019 года в селе Кой-Таш спецназ ГКНБ (Государственный комитет национальной безопасности) взял штурмом резиденцию бывшего президента. Во время штурма произошли вооруженные столкновения между силовиками и сторонниками Атамбаева. В результате, по официальной информации, 47 человек были госпитализированы с телесными повреждениями разной степени тяжести. Из них 22 сотрудника ГКНБ, 2 сотрудника МВД и 23 гражданских лица. (другие источники говорят о сотнях пострадавших). Один сотрудник ГКНБ от полученного огнестрельного ранения скончался. Начальник Главного управления внутренних дел Чуйской области КР Самат Курманкулов из-за травмы, полученной в ходе столкновений, впал в кому. Самого Атамбаева сразу задержать не удалось, он сдался силовикам во время второго рейда. Экс-президент оказался в тюрьме по обвинению в коррупции и превышении должностных полномочий.
23 июня 2020 года Первомайский районный суд Бишкека приговорил Атамбаева к 11 годам и двум месяцам лишения свободы с конфискацией имущества по делу о незаконном освобождении в 2013 году криминального авторитета Азиза Батукаева.
6 октября 2020 года во время массовых протестов в Бишкеке из-за результатов выборов, Алмазбека Атамбаева под давлением митингующих освободили из СИЗО. 9 октября он выступил на центральной площади Ала-Тоо, после чего там произошли столкновения со сторонниками Садыра Жапарова. На экс-президента было совершено покушение. 10 октября по обвинению в организации этих беспорядков Атамбаева вновь арестовали сотрудники ГКНБ.
16 июня 2022 года Атамбаев был оправдан по уголовным делам о строительстве школы в жилмассиве «Калыс-Ордо» в Бишкеке и незаконной выдаче паспортов гражданам Турции.
28 июня 2022 года Первомайский суд Бишкека оправдал Атамбаева по делу об организации массовых беспорядков в октябре 2020 года.
14 февраля 2023 г. Верховный суд Киргизии направил на повторное рассмотрение дело о незаконном освобождении из-под стражи криминального авторитета Азиза Батукаева. В тот же день Атамбаев был освобожден из исправительной колонии и сразу же улетел на лечение в Испанию.
17 апреля 2025 года суд в Бишкеке признал Атамбаева виновным по делу об освобождении из-под стражи криминального авторитета Азиза Батукаева, но не стал назначать наказание из-за срока давности дела.
3 июня вместе с экс-президентом осуждены и другие лица. Так, бывший вице-премьер Аскарбек Шадиев приговорён к 15,5 годам колонии с конфискацией имущества. Он, как и Атамбаев, должен выплатить в пользу государства 5,4 млрд сомов. Также на значительные сроки осуждены экс-руководитель администрации президента Фарид Ниязов, экс-депутаты парламента Равшан Джеенбеков и Ирина Карамушкина. Всего осуждены 17 лиц, но некоторые - без назначения наказания за истечением срока давности.
