Церковную карьеру начал в 1970 году в сане диакона. В 1983 году был рукоположен в епископы, в 1992 году стал архиепископом. После смерти предшественника Гарегина I 27 октября 1999 года избран 132-м Католикосом всех армян.
На период его руководства пришлись ключевые события современной армянской истории:
Организация помощи после Спитакского землетрясения 1988 года
Становление независимой Армении в 1990-е годы
"Бархатная революция" 2018 года
Вторая Карабахская война 2020 года
Возвращение Карабаха под контроль Азербайджана в 2023 году
Гарегин II занимает консервативную позицию по карабахскому вопросу, продолжая поддерживать идею "миацума" (воссоединения с Арменией). Это привело к конфликту с действующим премьер-министром Николом Пашиняном, особенно после поражения в 2020 году.
В последние годы между церковью и правительством нарастает противостояние. В 2024-2025 годах власти инициировали проверку финансовой деятельности ААЦ и предложили церковную реформу, что многие расценили как попытку ослабить влияние Гарегина II.
Как Католикос, Гарегин II курирует около 30 епархий по всему миру, включая крупные общины в России, США и Европе. Под его руководством завершено строительство кафедрального собора в Ереване и других храмов. При этом внутрицерковные реформы проводятся медленно, что вызывает критику со стороны части духовенства и мирян.
Сейчас Гарегину II 73 года. Его дальнейшая судьба как духовного лидера во многом зависит от развития ситуации в Армении и отношений с правительством. Независимые наблюдатели отмечают, что авторитет ААЦ остается высоким, особенно среди диаспоры и консервативной части общества, но среди молодежи и городских жителей влияние церкви постепенно снижается.