Председатель правления ОАО "НК "ЮКОС" Михаил Ходорковский был задержан 25 октября 2003 года. В этот же день управление информации и общественных связей Генпрокуратуры сообщило, что Ходорковскому предъявлено обвинение по нескольким статьям УК: по ст. 159 ч. 3 (мошенничество в крупном размере), ст. 160 ч. 1 (присвоение или растрата), ст. 165 (причинение имущественного ущерба собственникам путем обмана или злоупотребления доверием), ст. 198 ч. 2 (уклонение от уплаты налога физическим лицом), ст. 199 ч. 2 (уклонение от уплаты налога организацией), ст.315 (злостное неисполнение решения суда) и ст. 327 ч. 2 (неоднократная подделка документов).
8 июня 2004 году Мещанский районный суд г. Москвы принял решение об объединении уголовных дел в отношении Ходорковского и экс-председателя Совета директоров ЗАО "МФО "Менатеп" Платона Лебедева. 31 мая 2005 года Ходорковский и Лебедев в рамках объединенного дела были приговорены Мещанским райсудом к 9 годам лишения свободы каждый. Кассационным определением Московского городского суда от 22 сентября 2005 года срок был снижен до 8 лет.
В октябре 2005 года Ходорковский был этапирован в колонию ЯГ 14/10 в городе Краснокаменск Читинской области, Платон Лебедев - в колонию, расположенную в поселке Харп Ямало-Ненецкого автономного округа. В декабре 2006 года оба были переведены в СИЗО г. Читы.
5 февраля 2007 года Ходорковскому и Лебедеву были предъявлены новые обвинения по двум статьям: статье 160 — хищение путем присвоения, статье 174 — легализация (отмывание) денежных средств или иного имущества. 1 июля 2008 года отдел взаимодействия со СМИ Следственного комитета сообщил, что Главное следственное управление СКП РФ предъявило обвинение Ходорковскому и Лебедеву, которым вменяется хищение почти 350 млн. тонн нефти, а также отмывание 487 млрд. рублей и 7,5 млрд. долларов.
31 марта 2009 года Хамовнический суд Москвы начал слушания по существу по второму уголовному делу в отношении Ходорковского и Лебедева.
30 декабря 2010 года Хамовнический суд Москвы назначил им наказание в виде 13,5 лет колонии. Однако поскольку Ходорковский и Лебедев не отбыли полгода наказания по первому приговору, то окончательно суд приговорил их к 14 годам.
С учетом первого приговора, по которому они получили восемь лет лишения свободы, и проведенного в заключении времени, срок их наказания истекал в 2017 году.
24 мая 2011 года Мосгорсуд смягчил на один год наказание Ходорковскому и Лебедеву.
21 июня 2011 года Ходорковский был доставлен в колонию номер 7 города Сегежа в Карелии.
6 августа 2013 года, рассмотрев жалобу на приговор по второму делу в отношении Ходорковского и Лебедева, Верховный суд РФ сократил им срок заключения до 10 лет и 10 месяцев каждому.
По подсчётам экспертов, Михаил Ходорковский должен был выйти на свободу в августе 2014 года.
